Kooperationsnetzwerk
Ein Kooperationsnetzwerk besteht mit dem Thüringer Landesbeauftragten zur Aufarbeitung der SED-Diktatur (ThLA), dem Thüringer Archiv für Zeitgeschichte „Matthias Domaschk“ (ThürAZ), dem Jenaer Verein KuKuK (Kunst, Kultur und Kommunikation), dem Collegium Europaeum Jenense (CEJ), dem Jenaer Forschungszentrums für Versöhnungsforschung (JCRS) der Friedrich-Schiller-Universität Jena, den Thüringer Außenstellen des Stasi-Unterlagen-Archivs (Bundesarchiv), der Gedenkstätte „Amthordurchgang“ Gera sowie der Jenaer Stadtgeschichtsforschung (Stadthistoriker/in).
Durch die Einrichtung der Zeitzeugenwerkstatt in Zusammenarbeit mit der Filmproduktion mExtra (Torsten Eckold) besteht seit 2009 ein eigenes Medienformat, das Zeitzeugengespräche dokumentiert, archiviert und veröffentlicht.
Die Geschichtswerkstatt Jena wird gefördert und unterstützt durch die Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Dikatur in Berlin, die Stadt Jena (JenaKultur) und die Thüringer Staatskanzlei (TSK) in Erfurt.